与支原体和细菌不同，真菌是真核生物。真菌可以作为圆形或椭圆形体（酵母）存在，可以形成链或簇，也可以是长的细丝（菌丝）24。菌丝在污染的后期呈现模糊斑块状形成霉菌24。真菌污染是细胞培养中的一个严重问题，能够影响实验结果的有效性。更重要的是，这类型的污染极难根除，因为真菌可以通过孢子随空气流动传播。许多真菌种类的休眠孢子能在极端恶劣和不良环境中存活，一旦它们遇到合适的生长条件时就会被激活。
如何检测细胞培养中的真菌污染
酵母是最小的真菌（3-10 μm）。它们可以透过光学显微镜看到。依据大小和生长阶段的不同，菌丝在一些情况下可以用肉眼或光学显微镜检测到。在大量污染的情况下，菌落形成的霉菌会浮在细胞培养表面。在这种情况下，不要打开容器并丢弃培养物，以免传播孢子。有时候，培养基的pH值可能增加，导致含酚红的培养基呈现粉红色。
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