将手术切取的大鼠脂肪组织尽量剪碎后放至离心管，其余步骤与人脂肪干细胞的分离方式一致。
经手术切除获得的大鼠皮下脂肪组织消化后原代培养24 小时，肉眼观察会发现培养瓶底部贴附着一层网状薄膜，轻轻摇晃培养瓶可使这层网状薄膜从瓶壁上脱落，镜下观察发现大部分细胞都附着于这层膜上，通过吸脂术的人脂肪组织消化后则没有这个现象。增加胶原酶的量和消化时间也无法避免，取材时的毛细血管或脂肪间结缔组织未被完全消化，穿过细胞筛进入了培养瓶并沉淀于瓶底部形成的。胶原蛋白酶虽然可以特异性水解胶原蛋白的三维螺旋结构，但不会损伤其他蛋白质。处理方法是37 ℃下用胰蛋白酶消化5分钟。然后利用40 μm的细胞筛过滤后传代。 根据经验，每毫升手术切除的大鼠脂肪可分离基质血管成分细胞约1.81×106个。原代培养2.24×10^7个大鼠基质血管成分细胞，40小时后传代时约剩余 6.2×10^6个细胞，细胞剩余率27%。
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