相信大部分同学进入实验室第一接触的实验就是质粒提取，虽然质粒提取实验相对简单，但是还是有很多问题需要我们提防和解决的。
质粒是携带外源基因进入细菌中扩增或者表达的重要媒介，常用的方法有煮沸裂解法、碱提法等。而我们常用的 kit 是采用碱提法。
不同品牌的试剂盒具体操作步骤可能不同，但这个万变不离其宗，基础知识点还是不变的。菌体在强碱性条件下裂解，释放出包括质粒在内的核酸，蛋白等物质。pH恢复中性时，共价闭合环状质粒 DNA 复性快，而线性的染色体 DNA 复性缓慢，细菌蛋白质、破裂的细胞壁和变性的染色体 DNA 会相互缠绕成大型复合物，而后者被十二烷基硫酸盐包盖。
当用钾离子取代钠离子时，复合物会从溶液中有效地沉淀下来，离心除去变性剂后，就可以从上清中回收复性的质粒 DNA。
质粒提取实验会遇到的问题
1. 未提出质粒或提取质粒得率低
1）提取质粒的甘油菌使用错误对应抗性的培养基培养
2）菌体质粒拷贝数低或无质粒，菌质粒拷贝数低往往提取的质粒含量低，某些菌体在多次转接后可能出现质粒丢失的情况
3）碱裂解时间不充分，导致裂解不彻底，菌体中质粒未全部提取
2. 基因组污染或蛋白质
1）加入裂解液时摇晃剧烈及裂解时间过长，菌体基因组未与菌体蛋白质,细胞壁相互缠绕形成复合物并与十二烷基硫酸盐结合成沉淀
2）离心白色絮状物时间不充分，导致上清液并不澄清混有蛋白质
3）不要使用过多菌体，导致上清液不够澄清
3.质粒降解
1）质粒提取完成后避免反复冻融
2) 质粒溶解时吹打混匀时避免吹打过力，造成机械损伤
3）最后溶解质粒时应在超净工作台避免引入核酸酶造成质粒降解。
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