在进行任何一种蛋白质纯化的时候，都要时刻注意维护它的稳定性，保护它的活性，有一些通用的注意事项需要牢记，它们包括：
1、操作尽可能置于冰上或者在冷库内进行。
2、不要太稀，蛋白浓度维持在μg/mL～mg/mL。
3、合适的pH，除非是进行聚焦层析，所使用的缓冲溶液pH避免与pI相同，防止蛋白质的沉淀。
4、使用蛋白酶抑制剂，防止蛋白酶对目标蛋白的降解；在纯化细胞中的蛋白质时，加入DNA酶，降解DNA，防止DNA对蛋白的污染。
5、避免样品反复冻融和剧烈搅动，以防蛋白质的变性。
6、缓冲溶液成分尽量模拟细胞内环境。
7、在缓冲溶液中加入0.1~1mmol/LDTT（二硫苏糖醇）(或β-巯基乙醇），防止蛋白质的氧化。
8、加1~10mmol/LEDTA金属螯合剂，防止重金属对目标蛋白的破坏。
9、使用灭菌溶液，防止微生物生长。
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