流式细胞术检测的对象一般是呈独立状态的悬浮于液体中的细胞，如果要检测组织中的细胞，则必须先将组织制备成单细胞悬液，而后方可进行检测。
制备基本流程如下：
1.细胞的培养、制备
将一定数量的单个细胞收集于1.5mL的EP管中，2400rpm、4℃离心4min，弃上清；加入1xPBS清洗，同等条件进行离心，弃上清。
2.封闭
用来标记样品细胞的荧光素偶联抗体多为单克隆抗体，少数也可能是多克隆抗体，但其基本结构都是由两部分组成：包含有特异性结合抗原位点的Fab段、相对保守的Fc段。抗体的特异性表现在Fab段，标记时利用Fab段的抗原结合位点与细胞上抗原分子进行特异性结合，从而进行标记并且相对量化的展示了细胞表达该抗原分子的情况。
3.荧光素偶联抗体标记
以CD3-APC-Cy7、CD4-FITC为例，一般染色体系推荐100μl，CD3、CD4表达量相对较高，1μl足够了，假如有9个样本，分别取10μlCD3-APC-cy7、CD4-FITC加到含有990μl的1.5ml的EP管中，混匀后，分别取100μl加到9个样品孔中，混匀，室温、避光染色20min。时间到后加1ml FACS buffer洗去未结合的抗体，2400rpm、4°C离心4min，弃上清，加200μl FACS buffer或2%的多聚甲醛重悬沉淀，并尽快上机分析。
4.光电倍增管电压的设定
上机分析时，在确认机器没有问题后，需调节每个通道的光电倍增管的电压，从而区分细胞群，利用FSC和SSC，通过调节FSC和SSC的电压，区分淋巴细胞亚群，使样品细胞或者目标细胞位于流式图的中央或者靠近中央的位置。FSC和SSC的电压确定之后还需调节APC-cy7、FITC的电压，使阳性细胞群和阴性细胞群尽可能的分离。
5.设置对照，补偿调节
流式实验中对照设置很重要，常见的有阴性对照、FMO对照、补偿单阳管对照。
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