今天要跟大家分享的是【KEGG气泡图】~主要包括以下几个方面的内容：

KEGG气泡图的定义和用途

KEGG气泡图怎么看（结合具体案例）

KEGG气泡图相关疑问和解答

一、KEGG气泡图的定义&用途

1．定义

KEGG气泡图是一种可视化工具，用于展示基因或蛋白质在生物代谢途径或功能分类中的分布情况。这种图形化表示方法可以帮助研究人员快速识别和理解生物系统中的模式和关系。

2．用途

基因功能富集分析：通过比较目标基因列表与背景基因集的差异，分析目标基因在特定生物学功能或通路中的显著富集情况。

多变量数据展示：气泡图可以展示三个变量之间的关系，其中横轴和纵轴分别代表两个变量，而气泡的大小可以代表第三个变量的大小。

生物学意义揭示：通过富集分析，揭示目标基因或蛋白质与生物学功能、结构特征、亚细胞位置等的显著相关性。

数据比较：比较不同样本或不同条件下的基因表达模式，识别关键基因或蛋白质，为进一步的生物学研究提供线索。

可视化基因表达数据：展示不同条件下的基因表达变化，通过气泡的大小和颜色来表示基因表达的差异。

二、KEGG气泡图怎么看？

案例解读:

该KEGG气泡图展示了8周的年龄特异性（age-unique）蛋白质主要参与脂质代谢过程、先天性免疫反应、磷酸化、免疫系统过程、离子转运、跨膜转运和免疫反应。

三、相关疑问&解答

1．为什么要对差异基因进行富集分析？

差异基因通常是在不同条件下（如疾病状态与正常状态）表达水平有显著变化的基因。富集分析可以帮助我们理解这些基因在生物学过程中的作用和它们所属的生物学通路。

①功能预测：通过富集分析，可以将差异基因与己知的生物学功能或通路联系起来，从而预测这些基因可能的功能。

②疾病机理研究：在疾病相关的研究中，差异基因的富集分析有助于揭示疾病发生的分子机制，识别关键的疾病相关基因和通路。

③药物靶点发现：富集分析可以识别与疾病相关的特定生物学过程或通路，这些过程或通路可能成为药物开发的潜在靶点。

④生物标记物的鉴定：通过识别在特定条件下富集的基因，研究者可以发现潜在的生物标记物，用于疾病的诊断、预后评估或治疗反应监测。

⑤统计显著性评估：富集分析可以评估观察到的基因集在特定生物学类别中的富集是否具有统计学意义，从而避免随机事件的误解释。

2．气泡图只能表征差异表达基因的富集及对应的基因功能/生物过程？

不是，前面的图例仅是富集气泡图这一种，通过改变X轴和Y轴的意义及其注释，我们还能获得展示富集基因的表达上/下调的Z-score气泡图，与能够展示基因在不同样本间表达分布情况的丰度气泡图。