GO弦图是生物信息学分析中常用的可视化图表之一，主要用于基因表达数据分析、高通量测序数据分析以及其他类型的生物信息学分析。

在阅读文献并理解研究思路的过程中，看懂GO弦图将会“事半功倍”哦~下面我们就来了解一下GO弦图的相关知识吧！

一、定义&用途

1）定义：GO弦图是一种网络图，它以圆形的布局方式展示多个对象间的关系。具体来说，它通过将不同的GO term（如生物过程、细胞组分、分子功能）与参与的基因或蛋白连接起来，形成错综复杂的弦状图案，从而直观地展示这些对象之间的相互作用和关联。

2）用途：

（1）基因功能分析：通过GO弦图，研究者可以可视化地展示基因在不同生物过程、细胞组分和分子功能方面的关联，从而快速识别特定基因的功能。

（2）基因调控网络分析：GO弦图可以帮助研究者分析基因之间的相互作用和调控关系，有助于理解基因调控网络的结构和功能。

（3）生物标记发现：在疾病研究等领域，GO弦图可以被用来发现与特定疾病相关的生物标记，为疾病的治疗提供新的线索。

（4）比较基因组学：通过比较不同物种的GO弦图，研究者可以了解基因在不同生物中的保守性和多样性。

二、案例解读

三、相关疑问&解答

1）GO弦图、GO气泡图和GO圈图三者的区别在哪里？

（1）GO弦图：

① 适用于展示少量的GO term及其包含的基因。

② 由于弦图利用弦来表示关联，因此条目和基因数量不宜过多，否则会导致图形复杂康难懂。

③ GO term名称较长时，可能需要进行缩写或调整字体大小以避免截断。

（2）GO气泡图：

① 适用于展示多个GO term的富集结果及其统计显著性。

② 通过气泡的大小和颜色可以直观地看出哪些GO term更为重要且富集程度更高。

③ 需要注意的是，当GO term数量较多时，气泡图可能会变得拥挤和难以解读。

（3）GO圈图：

① 适用于展示具有环形结构或需要强调周期性、层次性等特征的数据集。

② 在GO富集分析中，GO圈图可能用于展示不同GO term之间的层次关系或相互关联。

③ 需要注意的是，由于环形布局的限制，GO圈图可能不适用于展示过于复杂或庞大的数据集。

2）GO弦图的优缺点是什么?

（1）优点：

① 直观性：GO弦图能够清晰地展示基因功能，通过将GO信息映射到弦图上，使研究人员更容易理解基因或蛋白质之间的功能关系。

② 信息密度高：可以在一个图表中展示大量的GO分类信息，提供丰富的基因功能信息。

③ 灵活性强：用户可以根据自己的研究需求调整弦图的显示参数，如调整颜色、形状等，以便更有效地解读信息。

（2）缺点：

① 缺乏详细信息：GO弦图主要展示的是功能分类的高层次概览，并不能提供具体的生物学实验或数据支持生物分子之间复杂的功能联系。

② 互操作性限制：不同的生物信息学工具和数据库中使用的GO术语可能会有所不同，这可能导致数据不一致或难以进行跨数据库的比较分析。