之前给大家分享过Co-IP的解读,今天就给大家带来WB图片的解读,下面就一起学习吧~
一、WB-磷酸化
1. 图片解读
(1) 处理条件:每组样本都经过了不同时间的LPS(脂多糖)处理,时间点为0h、2h和4h
(2) 样本分组:两组样本,分别是WT(野生型)和KO(敲除型)
(3) 分子量标记:kDa数值表示蛋白质的分子量,用于估计检测到的蛋白条带的大小
(4) 条带分析:KO组的Jnk蛋白的磷酸化水平(P-Jnk)明显高于WT组。同理可观察其他蛋白的磷酸化条带
(5) P-lkkα/β和Ikkα/β:检测Ikkα/β蛋白的磷酸化状态(P-)和总蛋白量。lkkα/β、lkbα、Jnk、p38蛋白均属于NF-κB或JNK通路的相关蛋白
(6) Cypj:实验相关蛋白,在本实验中KO组敲除的是Cypj,因此在KO组中没有Cypj条带
(7) Tubuin:作为内参蛋白,用于校正蛋白加载量的差异,确保各泳道的蛋白加载量一致
2. 结果解读
(1) 用LPS处理野生型和Cypj敲除组0h、2h、4h后,用Western Blots检测Ikka/BIkba、Jnk和p38的磷酸化水平。根据实验结果发现,Cypj缺乏增加了NF-KB和JNK通路中这些激酶的磷酸化
3. 常见问题
(1) 为什么P-lkka/B、lkka/B、P-Jnk、Jnk泳道中出现两个条带?
因为蛋白存在不同亚型,它们在分子量上有所差异,因此在WB中会显示出多个条带
二、WB-泛素化
1.图片解读
(1)MG132:一种蛋白酶抑制剂,能够抑制26S蛋白酶体(泛素-蛋白酶体系统,UPS)的活性。UPS负责降解泛素标记的蛋白质,维持蛋白质质量并调节蛋白水平。MG132阻断这一过程,使得泛素标记的蛋白质在细胞内积累
(2)Vector:对照组,表示一个不含目的基因的载体被导入细胞中
(3)“+”“-”标记:“+”表示添加该条件,“-”表示未添加该条件
(4)His-PSAT1:目的蛋白,给PSAT1蛋白加了His标签
(5)kDa:分子量的单位,被用作一个标准,帮助确定观察到的条带是否是正确的分子量
(6)IP:HiS:用His抗体做IP,分别下拉His和Ub分子;可以明显观察到,添加了MG132的His-PSAT1样本泳道更暗(Ub表达量更多)
(7)Input:指加载到WB膜上的原始样本的一部分,通常用于显示加载量是否一致,从而作为判断不同条带之间信号强弱的依据
(8)Tubulin:一种常用于细胞骨架标记的蛋白,在WB中作为内参蛋白可以校正不同泳道中的蛋白上样量,确保每个泳道中的蛋白量相同
2.结果解读
(1)该实验研究了MG132处理下PSAT1的泛素化。结果表明,添加MG132后,PSAT1的泛素化显著增加。
3.常见问题
(1)为什么泛素化条带会拖尾?
①泛素分子的分子量在8.5kDa左右,而泛素化是由许多泛素分子串联起来的,因此泛素化没有固定大小,跑出来就是一串长条带;
②其他原因还包括上样量过大、样本降解或样品中有杂质、一抗浓度过高或孵育时间过长等。
三、WB-乙酰化
1.图片解读
(1)Ac K298和Ac K302条带:这两个是赖氨酸乙酰化(Ac)的位点,分别在赖氨酸298和302位点(二者位于C/EBPα上)。可以看到【HL-60+HDACi】组的条带强度明显增加,而【32D+G-CSF】组的条带信号显著减弱,这可能表明HDACi处理增加了K298、K302位点的乙酰化水平,而G-CSF的增加则降低了这些位点的乙酰化
(2)C/EBPa:一种转录因子参与调节多种基因的表达
(3)GCN5:一种组蛋白乙酰转移酶,参与组蛋白的乙酰化。【32D+G-CSF】组的条带信号显著减弱,表明G-CSF的添加降低了GCN5的表达
(4)样本分组:分为4组样本,HL-60和32D是两种细胞系,HDACi是一种组蛋白去乙酰化酶抑制剂;IL-3为白细胞介素,32D细胞的生存和增殖依赖于IL-3;G-CSF是粒细胞集落刺激因子。在去除IL-3和加入G-CSF后,32D细胞很容易分化为成熟的粒细胞
(5)分子量标记:kDa数值表示蛋90 kD白质的分子量,用于估计检测到的蛋白条带的大小
(6)β-actin:作为内参蛋白,用于校正蛋白加载量的差异
2.结果解读
(1)Western blot结果显示,在G-CSF启动分化前(没加入G-CSF前),32D细胞中C/EBPa的K298和K302位点乙酰化富集。而在G-CSF诱导下,K298和K302的乙酰化水平降低,这与GCN5蛋白表达的减少相一致。
3.常见问题
(1)蛋白乙酰化,除了跑WB,还有哪些检测方法?
(2)除了WB之外,检测蛋白乙酰化的方法还包括免疫荧光、免疫共沉淀、质谱分析、蛋白质芯片等。WB在成本和易用性上具有优势,能提供乙酰化蛋白定性和半定量信息,而质谱分析则可以提供精准的乙酰化位点信息,但技术要求高、成本高。
四、WB-乳酸化
1.图片解读
(1)Pan-Kla 条带:Pan-kla是指组蛋白H4第12位赖氨酸乳酸化修饰(-la),它也被称为泛乳酸化修饰泛抗体,因为它能够检测细胞内所有蛋白质的乳酸化修饰。在Lactyl-CoA存在的情况下,信号较弱/无信号;而在LactyI-CoA与TIP60共同存在时,信号增强,这可能表明TIP60对乳酸化赖氨酸有影响
(2)实验条件:LactyI-CoA(乳酸酰辅酶A)、NBS1、TIP60(组蛋白乙酰转移酶)的存在或缺失(用“+”表示存在“-”表示缺失)
(3)分子量标记:表示蛋白质的分子量。所有检测的蛋白质分子量都在100kDa左右
(4)NBS1-K388la条带:该条带显示了NBS1蛋白在第388位赖氨酸的乳酸化修饰。在LactyI-CoA存在时,信号较弱/无信号,而在Lactyl-CoA与TIP60共同存在时,信号增强,这可能表明TIP60对NBS1-K388的乳酸化也有影响
(5)NBS1条带:该条带显示了NBS1蛋白的总量。所有条件下NBS1的表达量相对稳定,说明实验条件对NBS1蛋白的总量影响不大。NBS1是一种在细胞DNA损伤修复中起关键作用的蛋白质
2.结果解读
(1)体外赖氨酸乳酸化实验证实TIP60介导NBS1-K388的乳酸化