一、T4 RNA Ligase1（ssRNA Ligase）

作用：是一种ATP依赖的可以催化ssRNA、ssDNA、单核苷酸分子间或分子内5'-P末端与3'-0H末端之间形成磷酸二酯键的酶。

特点：主要用于RNA和RNA之间的连接，连接时需要5'磷酸基团和3'羟基的存在；也可以用于RNA和单核苷酸之间的连接，单核苷酸必须为5'和3'均磷酸化的形式，此时常用于RNA的3'末端标记。

二、2T4 RNA Ligase2（dsRNA Ligase）

作用：一种ATP依赖的双链RNA连接酶，连接dsRNA中的切口，也可用于将双链结构中RNA的3'OH与DNA的5'磷酸连接。该酶在连接时需要5'磷酸和3'羟基的存在，可以是RNA链或DNA链的5'磷酸基和RNA链的3'羟基之间发生连接反应。

特点：可以用于双链RNA进行分子内的环化连接和分子间的线性连接。该酶在连接时需要5'磷酸和3'羟基的存在可以是RNA链或DNA链的5'磷酸基和RNA链的3'羟基之间发生连接反应。

三、T4 RNA Ligase2，Truncated KQ

作用：特异性地将DNA或RNA的预腺苷酸化5'末端连接到RNA的3'末端。该酶不需要ATP进行连接，但需要预腺苷酸化底物。与全长连接酶不同，该酶无法将RNA或DNA的磷酸化5'末端连接到RNA 的3'末端。该酶也称为Rnl2，已用于优化microRNA克隆的接头连接。

特点：DNA或RNA的预腺苷酸5'末端在没有ATP的情况下连接到 RNA的3'末端，可以防止环化和其他不需要的双分子反应。可制备用于小RNA转录组分析（例如RNA-Seq）的cDNA文库。

四、RtcB Ligase

作用：来自大肠杆菌的RtcB连接酶将具有3'-磷酸基或2'，3'-环状磷酸基的单链RNA连接到另一个具有5'-羟基的RNA。连接需要GTP和MnCl2，并通过3'-鸟苷酸中间体进行。

特点：RtcB的3'-磷酸连接酶活性需要GTP或dGTP。

五、ssDNA/RNA CircLigase

作用：一种热稳定的DNA/RNA连接酶，不依赖于ATP，可催化单链DNA或单链RNA的分子内环化。环化反应中，要求催化底物单链DNA/RNA具有5'-磷酸基团和3'-0H基团。对于大于15nt的单链底物，该酶均能很好地连接。

特点：可催化DNA或RNA分子与预腺苷化的DNA接头之间的连接；在ATP过量的情况下，该酶可使DNA/RNA分子腺苷化。