一、质粒连接体系的计算公式
【公式一】
pmol数*kb数(双链)*0.65=μg数
案例:
片段大小=555bp=0.555kb,浓度=0.19μg/ul
载体大小=4.969kb,浓度=0.115μg/μl
选取载体0.04pmol;片段0.12pmol(载体:片段=1:3)
代入公式①得出,20μl体系,载体用0.129μg(1.12μl),片段用0.043ug(0.23μl)
载体和片段的总质量=0.129+0.043=0.172μg(符合20μl体系所要求的0.02~0.2μg范围)
【公式二】
设x1为DNA的片段pmol数,x2为其μg数;
设y1为载体pmol数,y2为载体μg数;
a为DNA的片段的kb数,b为载体的kb数(并且假定摩尔比为DNA的片段:载体=3:1)
则有:
x1*a*0.65=x2
y1*b*0.65=y2
x1:y1 =3
x2+y2=0.2(总质量)
计算得出:
y2=0.2/(3a/b+1)
x2=0.2-y2
二、连接体系调配的相关要求
1. 先测量目的片段和载体的OD260。(不用担心浪费片段和载体,实际用量是很少的)
2. 调整载体与片段的摩尔比。
(1) 载体与片段的比例应该在1:2~6之间(片段多一些)
(2) 连接体系如果是20μl,那么载体和片段的总质量(μg)要在0.02~0.2μg之间;如果是10μl,则在0.01~0.1μg之间(一般用量最好接近上限)
3. EDTA不能加太多,否则可能会影响连接酶。
三、连接体系加样组分和步骤(体积按需调整,以下以20μl体系为例)
1)将以下3种液体混匀,45°C水浴5min,迅速插入冰中,冰浴2min。
2)保持冰浴,加入缓冲液和酶。