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大汇总!常用的生信数据库有哪些!?

2025-04-09 17:51:57
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访问量:12872

做生信分析一定是离不开各种数据库的!今天小编整理了一些常用生信数据库分享给大家!

 

一、DNA序列相关数据库

 

1.基因组数据库:Ensembl、UCSC、MGD、RGD、EcoCyc

2.基因功能研究:KEGG、GO、Wiki、Reactome、GeneCards

3.真核生物启动子数据库:EPD

4.分子探针数据库:MPDB

5.复合元件数据库:COMPEL

6.基因表达数据库:GEO、GXD

7.DNA变异数据库:dbVar、dbSNP、VarScan

8.基因相互作用数据库:BioGRID

9.基因疾病预测数据库:HGMD

 

二、RNA序列相关数据库

 

1.非编码RNA数据库:starBase、NONCODE、deepbase

2.IncRNA数据库:IncRNAdb、NRED、IncRNADisease

3.miRNA数据库:miRBase、miRTarBase、miRCancer

4.circRNA数据库:circRNABase、circBase、Circ2Traits

5.核酸序列预测分析:CENSOR、RepeatMasker、BLAST

6.RNA与疾病关系数据库:RNADisease

7.非编码RNA与免疫关系数据库:RNA2lmmune

8.RNA修饰关联的读出/擦除/写入蛋白靶标数据库:RM2Target

9.细菌必需非编码RNA数据库:DBEnRNA

 

三、蛋白质相关数据库

 

1.转录因子调节关系:TRRUST、Cistrome、TRRD

2.转录因子结合模式预测:JASPAR

3.蛋白质结构域数据库:DOMO

4.蛋白相互作用数据库:STRING、HPRD

5.蛋白质功能分析:InterPro

6.跨膜蛋白数据库:TMBase

7.蛋白质突变体数据库:PMD

8.蛋白质糖基化位点数据库:GLYCBASE

 

四、其他数据库

 

1.疾病相关数据库:OMIM、Malacards、TCGA、GSCA

2.分子生物标志物数据库:MarkerDB

3.细胞标志物数据库:singleCellBase

4.细胞标志物数据库:CellMarker

5.细胞发育轨迹数据库:CellTracer

6.人类细胞互作数据库:CITEdb

7.免疫信号通路关联的调控子数据库:ImmReg

8.人类衰老单细胞注释知识库:AgeAnno

9.肿瘤免疫治疗相关:TIGER

10.耐药性信息数据库:DRESIS

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