1. RNA Interference (RNAi)
传统的基因修饰涉及RNA干扰(RNAi)技术，如siRNA和shRNA常用于lncRNA功能研究。shRNA在转染能力上克服了siRNA的局限性，通过病毒载体引入shRNA可以使其稳定整合并长期敲除靶基因。同时，shRNA可被诱导并用于需要严格调控基因的功能研究。
2. CRISPR/Cas9
CRISPR工具可以通过直接突变DNA序列来降低lncRNA的表达或功能。不过，多数情况下，lncRNA会与蛋白编码基因重叠，因此CRISPR的使用可能会同时影响lncRNA和蛋白编码基因的功能。CRISPR也可以作为靶点模块招募激活因子和抑制剂来影响lncRNA的转录。此外，它还有助于调控邻近lncRNA特定区域的染色质结构，最终干扰其表达。
3. CRISPR Interference (CRISPRi)/ CRISPR Activation (CRISPRa)
一种改进的CRISPR系统，称为CRISPR干扰/激活(CRISPR i/a)，分别通过阻断或激活转录，有效下调或上调基因表达。CRISPRi技术已经成功抑制了HEK293细胞中绿色荧光蛋白(GFP)的表达，甚至抑制了内源性基因CXCR4和CD71的表达。
CRISPR i/a的应用
（Ashish G , et al. Nuclc Acids Research, 2016）
4. 反义寡核苷酸（ASO）
ASOs进入细胞核的能力高于siRNA和shRNA。然而，由于ASOs的单链性质和核酸酶的作用，其在细胞内的稳定性较低。为了克服这一问题，一种由15到20个核苷酸组成的ASOs，其主链上有硫代磷酸修饰，可以抑制细胞核酸酶的降解。需注意的是，高浓度的ASOs会导致脱靶效应。
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