荧光共定位定量分析的三大要点。
① 散点图
② 皮尔逊相关系数
③ 重叠系数（也称为共定位系数）
皮尔逊相关系数和重叠系数其实是Image Pro Plus根据散点图进行回归分析计算得到的。
因此，解读散点图成为重中之重，也是发表论文时必须报告出来的。
▼ 1.为什么要分析散点图？
其实最开始定量分析共定位是采用划线法。
IPP把人为划定的线条上的红色通道、绿色通道强度值转换为波形图（如下）。
很快，大家注意到这条人为划定的线不靠谱，线段的位置和长短不同，右侧的波形肯定也会变化。这种局部测量波形图给造假者留下了空间。 于是，散点图出现了。
将整张图中所有荧光点纳入，分离为红色通道和绿色通道，然后根据两个通道的强度（也就是灰度）生成散点图，并计算相关系数。
这样就造不了假，只要图片不变，散点分布是无法被人为操纵。
▼ 2. 散点图有哪些信息？
（2.1）如果蛋白A（红色通道）和蛋白B（绿色通道）存在一定的共定位关系，那么散点图中的散点分布会呈现3种形态。
● 形态1：
总体呈棒槌状，基本线性分布，靠近Y轴（绿色通道）。
说明：蛋白A和蛋白B存在一定的共定位关系，但蛋白A荧光强度高于蛋白B。
● 形态2：
总体呈直棒形状，线性分布，对角分布。
说明：蛋白A和蛋白B存在很强的共定位关系，且蛋白A荧光强度与蛋白B基本相当。
● 形态3：
总体呈棒槌状，基本线性分布，靠近X轴（红色通道）。
说明：蛋白A和蛋白B存在一定的共定位关系，但蛋白B荧光强度高于蛋白A。
（2.2）如果蛋白A（红色通道）和蛋白B（绿色通道）的共定位关系很弱，那么散点图中的散点分布会呈现以下内凹形态，这。
（2.3）散点图中4代表的是共定位荧光图像中的背景荧光，该区域内散点越多，说明背景荧光越强，散点图中会呈现以下形态。
感谢您的关注，祝您科研顺利！
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