SDS-PAGE 凝胶组装起来有点棘手。

　　制作分离胶，倾倒，加入异丙醇，等待，擦去异丙醇，制作浓缩胶，倾倒，等待——天哪！

　　此外，如果你没有得到恰到好处的密封，未聚合的凝胶会泄漏，然后你必须重新开始。

　　等等——为什么 SDS-PAGE 还是垂直运行？

　　拥有一个水平 SDS-PAGE 系统会更简单。毕竟，琼脂糖凝胶电泳是水平运行的，不会泄漏或撕裂。

　　它们到底有多大不同？为什么SDS-PAGE 是垂直运行的？

　　我们将在这篇漂亮的文章中回答这些紧迫的问题，然后为了好玩，扮演魔鬼的拥护者并考虑评论部分留下的一些建议。

　　为什么SDS-PAGE是垂直运行的？

　　当然，使用水平 SDS-PAGE 系统会简单得多，但它必须是垂直的有 3 个很好的理由。

　　答案 1：SDS-PAGE 凝胶不连续

　　众所周知，SDS-PAGE 凝胶是双组分凝胶。

　　它们包括浓缩胶和分离胶。

　　垂直排列允许您按顺序制作它们。您先倒入分离凝胶，然后在凝固后将浓缩凝胶倒在上面。

　　这会产生一个连续的凝胶。

　　如果不是不可能的话，水平制备这样的凝胶是很困难的。

　　答案 2：凝胶聚合受到氧气的抑制

　　停止！

　　在你跑到专利局之前，在啤酒垫的背面抓着精美的新铸造设备的技术图纸，考虑一下。

　　氧气会抑制 SDS-PAGE 凝胶的聚合。

　　具体来说，SDS-PAGE 凝胶混合物中的过硫酸铵 (APS) 与 TEMED 反应产生硫酸根自由基。

　　这些自由基在 TEMED 存在下与丙烯酰胺分子反应以引发聚合。

　　然而，大气中的分子氧会与硫酸根自由基发生反应。如果没有可用于引发丙烯酰胺聚合的硫酸根自由基，就没有凝胶——只有未固化的成分混合物。

　　将凝胶混合物夹在两个玻璃夹层板和异丙醇/梳子之间可以保护它免受那些讨厌的氧分子的影响。

　　水平系统将不可避免地是：

　　暴露在大气中，聚合反应不能有效进行。

　　或者：

　　分离胶和浓缩胶之间的直接界面很难倾倒。

　　看起来Bio-Rad 将暂时垄断 SDS-PAGE 凝胶浇注市场。

　　答案 3：垂直系统更便宜

　　金钱总能找到产生影响的方法。

　　SDS-PAGE 凝胶中使用的试剂相对昂贵。

　　因此，像琼脂糖凝胶一样倾倒它们并不划算，因为您需要更厚的凝胶来容纳您的样品分析物。

　　用高而薄的样品孔制造更薄的凝胶更具成本效益。如果您花点时间考虑一下繁忙的实验室可以通过多少 SDS-PAGE 凝胶，这会加倍。

　　琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶有什么区别？

　　我不会在这里浪费你的时间和精力。以下是它们的主要区别：

　　聚丙烯酰胺凝胶聚合。琼脂糖凝胶套装；

　　琼脂糖凝胶含有荧光染料。聚丙烯酰胺凝胶不；

　　聚丙烯酰胺凝胶是不连续的。琼脂糖凝胶是连续的；

　　琼脂糖凝胶可以重新运行。聚丙烯酰胺凝胶不能；

　　聚丙烯酰胺凝胶分离的分析物范围更窄；

　　琼脂糖凝胶不含任何有毒成分！

　　为了争论

　　问题“为什么 SDS-PAGE 垂直运行？” 这并不罕见，因为自本文发表以来，评论部分留下了一些有趣的建议。在 Bitesize Bio，我们喜欢与读者互动！

　　让我们考虑一下这些建议以及它们是否可以在实践中发挥作用。

　　“预制凝胶怎么样？“

　　不幸的是，您不能购买水平预制 SDS-PAGE 凝胶。即使可以，市场上也没有可以运行它的凝胶罐！

　　“……你能不能在[凝胶]凝固后水平倒出并移动它吗？”

　　确实！

　　您可以加载按照标准方案浇注的 SDS-PAGE 凝胶，然后水平翻转。没有什么可以阻止您将夹在玻璃板之间的凝胶放入琼脂糖凝胶电泳槽中并水平运行。

　　但。

　　你这样做并没有真正为自己省去任何麻烦，那有什么意义呢？您仍然垂直浇注和装载凝胶。

　　而且我从未在琼脂糖凝胶罐中运行过 SDS-PAGE 凝胶。我也不认识任何尝试过的人。所以我不能说它是否有效。

　　另外，虽然我打赌您可以使用那些弯曲的凝胶加载技巧将样品加载到水平 SDS-PAGE 凝胶上，但有什么可以阻止您的样品溢出？

　　0.75 毫米厚的凝胶可能会在水平时仅通过表面张力保留您的样品，但更厚的凝胶几乎肯定会泄漏！

　　也不要忘记阳极运行缓冲液需要与阴极运行缓冲液有单点接触！

　　这就是我们在运行一个凝胶时使用缓冲坝的原因，也是导致分析物向下迁移的原因。

　　出于类似的原因，水平凝胶几乎肯定不适用于 tris-tricine SDS-PAGE，因为阳极和阴极缓冲液必须保持分开并且具有不同的成分。