1.孔的数量
大多数用户在组织培养瓶上开始组织培养。不过，许多应用也需要多孔板。理想的数量嘛，取决于你所需的通量水平，以及是否有机器人的协助。完,全手动地向96孔板中添加试剂，这并非不可行，但有电动移液器或机器人的帮助当然更好。扩展到384孔板，就更加需要机器人，而1536孔板更是需要。当然，高密度多孔板的挑战还在于分析小型化。
2.孔的形状
孔的底部可以选择平的、圆的，或锥形的，这取决于细胞类型和下游应用。对于传统的2D细胞培养（如HeLa或MDCK细胞），特别是需要对培养物进行成像或分光光度测定，通常选平底（F-bottom）。对于不存在接触抑制的细胞，弧形底（C-bottom）也不错。圆底（U-bottom）适合悬浮培养（如球体细胞培养），因为圆的表面让细胞难以附着和生长。而锥形底很少用于细胞培养实验，但在细胞沉淀时可能有用。
3.微孔板的颜色
多孔板的颜色也与应用息息相关。如果用相差显微镜或肉眼观察细胞，可选择透明的多孔板。不过，对于可见光光谱以外的应用（如冷光或荧光），有颜色的多孔板（如白色或黑色）则是必需的。在使用从顶部读数的仪器时，底部应该是不透明的，而使用显微镜或底部读数的仪器时，应选择底部透明的多孔板。冷光样品通常选择白色表面，以便大限度提高信号的反射率，而大于300 nm的荧光应用通常使用黑色表面，以吸收激发信号。有颜色的表面还可以防止相邻孔之间的信号串扰。
4.表面处理
选择哪种细胞表面处理，这要取决于你培养的是悬浮细胞还是贴壁细胞。对于悬浮或球体细胞培养，建议使用有疏水凝胶处理的微孔板，可抑制细胞或蛋白附着。对于轻松附着的贴壁细胞（如HeLa），标准的组织培养表面就足够了。对于那些贴壁有困难的细胞（如原代细胞），或涉及到严格洗涤的应用，建议使用不需要冷藏的微孔板。这种独特的表面与多聚赖氨酸处理的表面相似，但它不是涂层，而是塑料性质的物理变化。
最后，当然不能忽视培养容器的质量。这不仅仅指微孔板，还包括与细胞接触的一切，比如吸头，以避免细胞污染或死亡。
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