作为生物医学科研人,学会看各类生信图是必备的科研技能之一~今天,我们来解读生信图,了解关于“热图”的具体用途、各个主体部分所代表的含义以及各种衍生类型吧!
一、热图的定义和用途
定义:一种以颜色的变化来表示数据矩阵或数据集中的数据视觉效果。颜色越深表示数值越大,颜色越浅表示数值越小。常用于展示gene表达数据、蛋白质相互作用、代谢途径活性等方面的信息。
用途:
l 可视化数据分布:将数据矩阵的每个单元格映射为一个矩形,用颜色表示数值大小或差异,直观展示数据在样本和特征间的分布与差异。
l 可视化关联性:可通过显示样本或特征之间的相关性矩阵来揭示数据的关联性。相关性的强弱可以通过颜色的明暗程度来表示,有助于发现相关性较高或较低的样本或特征。
l 发现模式和聚类:通过对数据进行“行和列”的聚类,发现样本或特征间的相似性和相关性。该方法将相似特征的样本或特征分组,有助于识别数据中的模式和类别。
l 注释信息展示:可以通过添加行和列注释信息,如样本分组、特征分类、样本性状等,并使用不同颜色或标签,提供更详细的数据解读。
二、热图怎么看?
我们将以一个案例来解读如何看热图。该热图展示了此前GO富集分析的80个gene子集的表达变化,样本(WT组与MUT组)的变量是K700E是否突变。星号标注的是受1~8个差异剪接事件影响的gene。
三、10种热图案例及应用
1.聚类热图:常用于展示gene表达数用途:用于多组学关联分析,同时据、蛋白质相互作用、代谢途径活展现组间/组内的相关性分析结果。性等方面的信息。
2.相关性热图:用于多组学关联分析,同时展现组间/组内的相关性分析结果。
3.组合热图:多种图形组合而成的热图,用于同时展示变量在某指标的大小及变化趋势。
4.方格热图:可用于展示行列两两之间的互作关系,例如gene(配体受体)之间的互作关系。
5.环形热图:将环形热图与环形聚类树结合,可用于清晰展示不同分组数值的高低变化。gene的表达数据。
6.3D热图:通过色彩空间来展示表达量数值的高低变化。
7.富集分析热图:可用于展示所选gene和通路之间的关系以及gene的表达倍数变化。
8.分类数据热图:用于展示连续型数据的变化,例如gene的表达量。
9.个性标签热图:当gene数量过大时,热图中的gene标签会重叠到一起而无法识别,该热图则可用于选择性展示部分gene。
10.电泳凝胶热图:展示离散型数据的变化规律,例如gene的上调表达、下调表达。