ceRNA整合分析，技术路线及方法解析

2022-07-08 10:44:44

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　　（1）简介

　　人类基因组测序结果分析表明，全基因组中能够编码蛋白质的DNA 仅占有很少一部分，绝大部分为不编码蛋白质的DNA，这些DNA转录形成的产物即为非编码RNA。非编码RNA（包含microRNA和long no-coding RNA）在细胞分化和代谢等生命活动中扮演着举足轻重的作用。lncRNA 与miRNA 之间可通过相互调控来影响肿瘤的发生发展。由于多数lncRNA的结构与mRNA 具有一定的相似性，提示miRNA可能通过类似于mRNA 的作用机制负性调控lncRNA 的表达，进而发挥一系列生物学作用。lncRNA 通过与miRNA 竞争结合靶基因mRNA 的3′-UTR，间接抑制miRNA 对靶基因的负向调控；2) 某些lncRNA 通过细胞内的剪切作用可形成miRNA 的前体，进而加工生成特异miRNA，调控靶基因的表达进而发挥功能；3) 个别lncRNA 可发挥内源性miRNA 海绵的功能，抑制miRNA的表达。因此，整合分析miRNA-lncRNA-mRNA之间的调控关系能够更全面的阐述疾病的发生和发展。

　　（2）技术路线及方法

　　（3）实验验证

　　Real-time PCR验证差异表达的miRNA, lncRNA和mRNA。

　　双荧光素酶报告基因验证miRNA与其靶基因的相互作用

　　（4）样本要求

　　每组样本不少3个。

　　mRNA测序：RNA样品总量: ≥1.5 μg；RNA样品浓度: ≥50 ng/μL

　　microRNA测序：RNA样品总量: ≥3 μg；RNA样品浓度: ≥200 ng/μL

　　lncRNA测序：RNA样品总量: ≥3 μg；RNA样品浓度: ≥100 ng/μL

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