资讯动态

顶刊中常见的UpSet图看不懂?1分钟快速解答

2024-05-22 17:34:48
|
访问量:134622

我们时常在很多顶刊论文中看到UpSet图,但是往往被它看似复杂的图组结构“难住”!

其实UpSet图就是我们上一期介绍的韦恩图的高级版~这一期关于UpSet图的相关知识,我们依旧从以下几个方面来介绍:定义&用途、具体怎么看(案例分析)、相关疑问&解答(UpSet图和韦恩图的联系与区别、UpSet图和韦恩图的关系示意)

一、定义&用途

 

图片1.png

 

定义:UpSet图是一种用于展示不同组之间共有和特有部分的可视化方式,也是韦恩图的另一种替代方式。

用途:

广泛应用于gene组学、转录组学、代谢组学和蛋白质组学等研究领域:

  • 展示数据集合之间的交集关系。

  • 展示两两比较组间独有的及共有的差异基因数目。

  • 展示元素分类亚组或重点关注的交集区域。

二、UpSet图具体怎么看

 

图片2.png

案例解读:

研究者通过UpSet图显示样品之间共享的脂质种类数量,以及两者所特有的脂质种类,其中南极菌(Nha)含有110种脂质。而深湖菌的纯培养物(HP)始终含有约165种脂质,共培养物在前12小时内(Cc_12)有大约140种脂质,到48小时实验结束时(Cc_48)逐渐增加到约175种。

三、相关疑问&解答

(1)UpSet图和韦恩图有什么样的联系与区别?

UpSet图和韦恩图均可对集合共有和特有元素信息进行可视化,但是当数据分组过多(分组≥5)时,韦恩图看起来会非常杂乱,而UpSet图可以展示更多集合元素的共有和特有信息。

总结:

①分组<5,韦恩图可以更清晰地展示不同分组之间的交集关系。

②分组≥5,UpSet图可以更清晰地展示多个集合的交集情况。

③韦恩图的可视化数据图结构较为单一,UpSet图的数据展示方式更多元。

(2)UpSet图和韦恩图的关系示意

图片3.png

文章推荐
12月30日24时新型冠状病毒肺炎疫情最新情况
2021-12-31
12月30日0—24时,31个省(自治区、直辖市)和新疆生产建设兵团报告新···
细胞凋亡是基因控制的吗(探讨细胞凋亡的调控机制)
2023-09-08
细胞凋亡是一种重要的细胞死亡方式,它在发育、组织修复和免疫防御中···
细胞凋亡作用(细胞自我调控的重要机制)
2023-09-08
细胞凋亡作用是生物体内一种常见的细胞死亡方式。在细胞凋亡过程中,···
悬浮细胞成团怎么处理【解决方案】
2023-05-31
悬浮细胞成团是常见的细胞培养问题之一,如果不加处理会影响细胞的生···
“疼痛”有了创新思路也能上Nature子刊!西安交大团队揭示慢性神经病理性疼痛中的ACC-VTA-ACC正反馈环路!
2024-12-20
“腰疼、腿疼、颈椎疼……”,长期伏案学习的生物医学科研人应该知道···
差异性分析方法都有哪些?这21种快速了解下
2024-12-18
在单样本均数比较、两样本均数比较、多样本均数比较、定类数据比较4种···
中科院1区TOP/IF17分!华中科技大学王世宣团队解锁卵巢衰老时空密码:FOXP1的关键性转录调控
2024-12-16
卵巢衰老的秘密,你知道么?女性在40岁以前出现卵巢功能减退的现象,···
中科院1区TOP/14.7分拿下!不愧是“铁死亡”+“慢阻肺”双强组合,直接一把命中Nature子刊!
2024-12-13
慢阻肺(COPD)是慢性阻塞性肺疾病的简称,一种以持续呼吸道症状和气···
  • 业务咨询

    业务咨询专线:133 7682 0615

    Email:lxyjy@wie-biotech.com

在线留言(即刻联系为您提供专业的解决方案) ×
留言咨询

感谢您的关注,如有需要请留言,我们会尽快和您联系!